1971年（昭和46）8月、福岡大学医学部開設のための暫定関連病院として香椎病院が発足いたしました。翌1972年（昭和47）には福岡大学医学部が開設され、1973年（昭和48）8月には現在の福岡大学病院が開院となり、「呼吸器・乳腺・小児外科教室」の母体となった福岡大学医学部「第2外科学教室」が犬塚貞光初代教授によって開設されました。「第2外科」は、開設当初は教授1名、准教授（旧・助教授）1名、助手3名のわずか5名の小世帯でしたが、担当領域は一般外科としての消化器、乳腺、甲状腺外科に加え、横隔膜を超えた肺・食道も取り扱うきわめて広範な領域をカバーする外科教室でした。
この中で、消化器外科は1977年（昭和52）10月に着任された三戸康郎准教授（旧・助教授）が食道外科を中心に消化器全般を担当し、肺外科を中心とする胸部外科は廣田暢雄准教授（旧・助教授）が中心となり、それぞれが担当准教授（旧・助教授）として部門育成に努められました。その後、消化器外科は児玉好史准教授（旧・助教授）が引き継がれ、胸部外科は1975年（昭和50）12月より白日高歩先生に引き継がれましたが、消化器外科と胸部外科の二人の准教授（旧・助教授）を中心とした一講座二准教授（旧・助教授）体制が第2外科のスタイルとなりました。
1993年（平成5）6月には2代目教授として白日高歩先生が着任され、一般外科は山下裕一准教授（旧・助教授）、胸部外科は川原克信准教授（旧・助教授）が担当されることとなり、2000年（平成12）からは新たに小児外科も加わりその担当領域はさらに拡大することとなりました。
その後、平成時代半ばには全国的な「大学病院診療科の臓器別再編」の流れに則り、福岡大学外科学講座でも臓器別再編が行われることとなり、旧第2外科と旧第1外科（消化器・肝胆膵外科）は一旦統合された上で臓器別に再編され、2006年（平成18）10月に現在の「呼吸器・乳腺内分泌・小児外科」と「消化器外科教室」の二つに分離いたしました。旧第二外科から呼吸器・乳腺内分泌・小児外科を引き継いだ白日教授はその後2008年（平成20）3月をもって定年退任され、新たに同年4月より岩﨑昭憲先生が教授として就任されました。岩﨑教室においては白石武史准教授が胸部外科全般に加えて肺移植部門を担当し、2012年（平成24）に就任した山下眞一准教授が胸腔鏡手術と乳腺外科を担当、2019年（令和1）には山下准教授の後任として佐藤寿彦准教授が着任されRobot手術を開始いたしました。
2021年（令和3）4月からは佐藤寿彦教授が主任教授に就任し、2025年（令和7）4月に診療科名が「呼吸器・乳腺・小児外科」に変更となり、現在に至っています。